W styczniu 1996 objął stanowisko przewodniczącego Szwajcarskiej Partii Ludowej (SVP, Schweizerische Volkspartei). Początkowo był postrzegany jako wierny sojusznik i protegowany Christopha Blochera, czołowego polityka tej partii. Za prezesury Maurera Szwajcarska Partia Ludowa stała się największą partią polityczną w kraju. Z partii niemieckojęzycznej przekształciła się w partię ogólnonarodową. Maurer wyróżniał się prowadzeniem agresywnej i populistycznej, acz skutecznej kampanii politycznej, która zaprocentowała wzrostem poparcia społecznego. W wyborach federalnych w październiku 2007 SVP odniosła zwycięstwo, zdobywając 29% głosów i 62 miejsca w 200-osobowej Radzie NarodowejNationalratswahlen: Übersicht Schweiz. W tydzień po wyborach Maurer ogłosił jednak rezygnację z funkcji przewodniczącego SVP. Oświadczając, iż nadszedł „właściwy czas do odejścia”, swoją decyzję motywował chęcią zaangażowania się w inne projekty polityczne"Main parties undergo shake-up after elections", swissinfo, 26 października 2007..