Po powrocie do Araukanii de Tounens’a Mapucze musieli stawić czoła inwazji armii chilijskiej. W 1862 de Tounens spotykał się z wodzami poszczególnych plemion. Został jednak zdradzony przez swojego służącego, który wydał go Chilijczykom. Władze Chile po przeprowadzeniu procesu zamierzały osadzić go w przytułku dla chorych umysłowo. Po interwencji konsula francuskiego zgodzono się na jego deportację do Francji.

Późniejszy okres W 1863 de Tounens opublikował swoje pamiętniki. W 1869 popłynął do Buenos Aires, skąd udało mu się z powrotem dostać do Araukanii. Mapucze byli zdziwieni jego obecnością, ponieważ Chilijczycy rozpuścili wieści o jego rzekomej śmierci. De Tounens zaczął czynić przygotowania do odbudowy swojego królestwa, czym znowu ściągnął na siebie uwagę władz Chile. Za jego głowę została wyznaczona nagroda, jednak Mapucze zdecydowali się chronić swojego „niezwykłego” sojusznika.

W 1871 de Tounens stracił wszystkie fundusze i został zmuszony do powrotu do Francji, gdzie wydał drugą część swoich pamiętników. Założył również araukańską gazetę La Corona de Acero („Żelazna korona”). W 1872 ogłosił, że poszukuje narzeczonej, z którą mógłby spłodzić swojego dziedzica.