W listopadzie 1991 roku Johnston został piłkarzem Evertonu, a 23 listopada zadebiutował w jego barwach w Premiership w wygranym 1:0 meczu z Notts County. W „The Toffies” bez sukcesów występował przez dwa lata i w 1993 roku wrócił do Szkocji i podpisał kontrakt z drużyną Heart of Midlothian F.C. z Edynburga (debiut: 23 października w zremisowanym 0:0 meczu z Partick Thistle). Po półtora sezonu ponownie zmienił barwy klubowe i odszedł do Falkirk F.C. Ostatnim klubem Szkota w karierze był Kansas City Wizards, grający w amerykańskiej Major League Soccer. W klubie tym Johnston grał od 1996 do 2001 roku. Rozegrał dla niego 149 meczów i zdobył 31 goli, a największym sukcesem było wywalczenie MLS Cup w 2000 roku.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1981/82 Partick Thistle F.C. Second Division 32 9 1982/83 39 22 1983/84 14 10 1983/84 Watford F.C. Division One 29 20 1984/85 9 3 1984/85 Celtic F.C. Premier League 27 14 1985/86 32 15 1986/87 40 23 1987/88 FC Nantes Division 1 32 13 1988/89 34 9 1989/90 Rangers F.C. Premier League 36 15 1990/91 29 11 1991/92 11 5 1991/92 Everton F.C. Premiership 21 7 1992/93 34 10 1993/94 Heart of Midlothian FC Premier League 31 4 1994/95 4 1 1994/95 Falkirk F.C.