W kampanii wrześniowej nie brał udziału. Razem z grupą pilotów z Dęblina ewakuował się przez Rumunię do Francji. 3 września 1939 roku, w trakcie przelotu ewakuacyjnego samolotem PWS-26 z Dęblina do Sokala, został w okolicach Lublina zaatakowany przez trzy lub osiem niemieckich myśliwców. Falkowski obniżył wysokość lotu prawie do ziemi i wykorzystując zwrotność samolotu spowodował, że jeden niemiecki myśliwiec rozbił się o ziemię, a pozostałe przerwały atak i zawróciły, najprawdopodobniej z powodu małej ilości paliwa.
We Francji został instruktorem w polskiej szkole w Lyon-Bron. Od 31 maja 1940 był dowódcą X Klucza Kominowego (Fa) broniącego Cognac. Po ataku Niemców na Francję na pokładzie Batorego 27 czerwca 1940 przybył do Anglii.
W Anglii otrzymał numer służbowy RAF P-0493 i został przydzielony do 302 dywizjonu, w którym na samolocie Hawker Hurricane odniósł swoje pierwsze zwycięstwo nad He 111 – 16 stycznia 1941. W czasie walki jego samolot został ciężko uszkodzony, Jan Falkowski musiał z niego wyskoczyć i przy lądowaniu złamał nogę. Po leczeniu z końcem lipca 1941 został skierowany do polskiego 315 dywizjonu myśliwskiego w Northolt. Już w sierpniu w walkach nad terytorium Francji zestrzelił trzy Messerschmitty Bf 109. We wrześniu odniósł kolejne dwa zwycięstwa.