Dyktat studia filmowego, ograniczającego jej duże aspiracje artystyczne, presja życia gwiazdy oraz nieudane małżeństwo, które zakończyło się rozwodem w 1942, były wśród powodów wpadnięcia Frances Farmer w alkoholizm. Według niektórych źródeł, uzależniła się też od amfetaminy. Następujący splot wypadków, w połączeniu z jej wybuchową osobowością i lekkimi zaburzeniami psychicznymi, doprowadził do załamania jej kariery.
W październiku 1942 została oskarżona o jazdę pod wpływem alkoholu i na rozprawie dopuściła się obrazy sędziego, po czym skazana została na karę z warunkowym zawieszeniem wykonania. Z powodu niedotrzymania warunków okresu próby, w 1943 aresztowano ją. Przy zatrzymaniu napadła na policjanta, co spowodowało zamknięcie jej w szpitalu psychiatrycznym. Poddawana tam była insulinowej terapii wstrząsowej, a podczas następnych pobytów elektrowstrząsom oraz hydroterapii (bicze wodne zimną wodą). Najdłuższy jej pobyt w szpitalu psychiatrycznym miał miejsce od kwietnia 1946 do marca 1950, kiedy to została ostatecznie zwolniona pod opiekę rodziców.