W 1945 zbiory ponownie udostępniono.
W południowym skrzydle mieści się muzeum epigrafii z najbogatszą na świecie kolekcją inskrypcji. Muzeum inskrypcji rozbudowano w latach 1953–1960 według projektu Patroklosa Karantinosa.
Zbiory Muzeum jest podzielone na działy: prehistoria (neolit, kultura cykladzka, kultura mykeńska) rzeźba (od epoki archaicznej VIII w. p.n.e. aż po hellenistyczną, III i II w. p.n.e.) ceramika (od stylu geometrycznego IX w. p.n.e. do końca IV w. n.e.) odkrycia z Santorynu metalurgia sztuka starożytnego Egiptu starożytny Bliski Wschód osobny dział z eksponatami związanymi z wrakiem z Antykithiry, z oddzielną salą, poświęconą oryginałowi, modelom i multimedialnym prezentacjom mechanizmu zegara z Antykithiry Samodzielne mniejsze zbiory obejmują przedmioty z brązu, biżuterię oraz freski z wyspy Tira, które powstały pod silnym wpływem minojskim.
Zbiory Dział Pomieszczenia Wybrane obiektyPrehistoria (Neolit, Cyklady, Kultura mykeńska)3–6, 48Rzeźby 7–34Wazy i obiekty pochodzące z kultury minojskiej (w tym kolekcje: Stathatos i Vlastos-Serpieris)42, 49–56Santorini48Metalurgia36–39Sztuka Starożytnego Egiptu i Bliskiego Wschodu 40–41Muzeum Epigraficzne 1, 9, 11