Przejściowo, w drugiej połowie XVIII wieku przemysko-samborska diecezja unicka dzieliła się na 3 oficjalaty: generalny przemyski oraz katedralne sanocki i samborski. Każdy oficjalat dzielił się na dekanaty (protopopie), których w końcu XVIII wieku było 31.
W 1772 znalazła się pod rządami austriackimi. W jej skład wchodziło wtedy 1253 parafie, liczyła wtedy 24 900 km² i około 300 tys. wiernych.
Do chwili rozbiorów na terenie diecezji było 9 klasztorów męskich (bazyliańskich) i 3 żeńskie. W wyniku reform józefińskich na przełomie XVIII i XIX w. zredukowano liczbę parafii greckokatolickich. Pod koniec XIX wieku greckokatolicka diecezja przemyska miała 685 parafii, 23 samodzielne wikariaty, ponad 800 kapłanów zajętych pracą duszpasterską, 997 600 wiernych, 6 męskich klasztorów (Dobromil, Drohobycz, Krechów, Krystynopol, Ławrów, Żółkiew) i 1 żeński w Jaworowie.
Kapłani eparchii przemyskiej w czasie zaboru austriackiego kształcili się początkowo w Barbareum oraz w Greckokatolickim Seminarium Generalnym. W 1845 biskup Iwan Snihurśkyj utworzył Greckokatolickie Seminarium Duchowne w Przemyślu.
W 1934 wyłączono z diecezji 9 dekanatów, na ogólną liczbę 54, tworząc Apostolską Administrację Łemkowszczyzny.
Po II wojnie światowej w połowie 1946 biskupi zostali aresztowani, a eparchia rozwiązana przez komunistyczne władze państwowe.