Następnie przyszła grupa bardziej agresywnych bandytów, którzy dalej żądali broni. Ks. Jan powiedział, że mogą do niego strzelać, a i tak nic nie znajdą. Jeden z bandytów oddał w jego stronę dwa strzały. Świadkiem jego śmierci był afrykański ksiądz. Siostry zakonne pochowały ciało ks. Jana w prowizorycznej trumnie za kościołem, koło groty Matki Bożej.

Upamiętnienie Pamięć o duchownym – słudze Bożym ks. Janie Czubie kultywowana jest:

przez umieszczenie jego wizerunku w XIV stacji Drogi krzyżowej przy kościele w Pasierbcu, umieszczenie tablic pamiątkowych m.in. w Bobowej oraz witraży w Koszycach Wielkich i Muszynie, przez wybudowanie poświęconą jego pamięci kaplicy misyjnej w Słotowej, przez nazwanie jego imieniem Domu Formacji Misyjnej w Czchowie, sali misyjnej Wyższego Seminarium Duchownego w Tarnowie i Zespołu Szkół w Słotowej. Jego imię nosi również Biblioteka parafialna oraz Dom Parafialny w Bobowej, gdzie znajduje się sala z pamiątkami po ks. Czubie, diecezja tarnowska w 10. rocznicę śmierci zorganizowała kongres misyjny poświęcony pamięci ks. Jana, przy parafii w Bobowej działa Grupa im. ks.