Był to ostatni sukces Grahama w Arsenalu. Fatalna postawa piłkarzy w Premiership oraz skandal związany z wyjściem na jaw faktu przyjęcia na boku sowitej zapłaty za podpisanie kontraktu z dwoma duńskimi piłkarzami (jednym z nich był John „Faxe” Jensen), doprowadziły do zdymisjonowania Szkota. Zastąpił go jego rodak, Stewart Houston. Zmiana na stanowisku szkoleniowca pierwszej drużyny nie zmieniła silnej pozycji Nigela w składzie. Silna ekipa z północnego Londynu powtórzyła sukces sprzed roku i znowu zagrała w finale PZP. Po zaciętym meczu i błędzie Seamana w ostatniej minucie dogrywki, Winterburn i spółka musieli uznać wyższość rywala z Hiszpanii, Realu Saragossa.
W czerwono-białej koszulce grał przez następne pięć lat. Za kadencji francuskiego menedżera, Arsene'a Wengera klub czterokrotnie kończył rozgrywki na podium, w sezonie 1997–98 sięgając po jedenasty tytuł w historii. Dwa lata później kibice The Gunners również przeżywali radosne chwile, gdyż ich ukochany klub doszedł do meczu finałowego Pucharu UEFA. Jednak po rzutach karnych zostali zwyciężeni przez Galatasaray SK. Nigel nie zagrał w tym meczu, na jego lewej flance zagrał Brazylijczyk Sylvinho.