AON szkoliła kadry cywilne na rzecz obronności państwa, m.in. przedstawicieli parlamentu, administracji państwowej i samorządowej. W każdym roku akademickim blisko 250 słuchaczy kształciło się na Wyższych Kursach Obronnych.
Struktura organizacyjna (2013) Komenda Wydział Zarządzania i Dowodzenia Instytut Dowodzenia Instytut Lotnictwa i Obrony Powietrznej Instytut Logistyki Instytut Zarządzania Instytut Obronności Wydział Bezpieczeństwa Narodowego Instytut Bezpieczeństwa Państwa Instytut Strategii Instytut Prawa i Administracji Instytut Stosunków Międzynarodowych Instytut Inżynierii Systemów Bezpieczeństwa Pion Doskonalenia Kadr Wojskowych Centrum Symulacji i Komputerowych Gier Wojennych Centrum Szkolenia Obrony przed Bronią Masowego Rażenia Centrum Doskonalenia Kursowego Oficerów Wydział Kształcenia na Odległość Studium Języków Obcych Studium Wychowania Fizycznego Centrum Współpracy Międzynarodowej Wydział Organizacji Studiów Wydział Naukowy Wydział Wychowawczy Wydział Personalny Pion Kanclerza Kwestura Wydział Infrastruktury Wydział Zabezpieczenia Ambulatorium Pion Ochrony Informacji Niejawnych Sekcja BHP Sekcja Spraw Studenckich Biblioteka Główna Wydawnictwo AON