Rok 1989 rozpoczął okres przeobrażeń ustrojowych i społecznych, stawiając przed środowiskiem akademickim nowe zadania, polegające na wypracowaniu modelu kształcenia i funkcjonowania w warunkach pełnej samodzielności i samorządności.
1 października 1999 roku weszła w życie ustawa o nadaniu uczelni nazwy Akademia Pedagogiczna im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie, natomiast 20 listopada 2008 roku weszła w życie kolejna ustawa, tym razem nadając Uczelni nazwę Uniwersytet Pedagogiczny im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie. 30 sierpnia 2023 roku Sejm uchwalił ustawę, której art. 36 z dniem 1 października 2023 nadaje uczelni nazwę Uniwersytet Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie.
Za rektorów Michała Śliwy (2008–2016) i Kazimierza Karolczaka (2016–2020) nastąpiła gruntowna przebudowa struktury organizacyjnej, nasilenie aktywności badawczej i rozwoju kadry naukowo-dydaktycznej, znaczące rozszerzenie oferty edukacyjnej, urozmaicenie i modernizacja procesu dydaktycznego. Dzięki temu już w roku 2017 uczelnia osiągnęła bardzo dobre wyniki kompleksowej oceny jednostek naukowych - z jej siedmiu wydziałów pięciu przyznano kategorię A, a pozostałym dwóm kategorię B. Pozwoliło to zakwalifikować się jej, wraz z 19 innymi, do pierwszego konkursu w ramach programu „Inicjatywa doskonałości – uczelnia badawcza”.