Początkowo w bombowcu miał być zastosowany silnik Jumo 004B, ale liczono na to, że do czasu ukończenia prototypu He 343 będzie gotowy Jumo 004C. Zaplanowane zostały cztery wersje He 343: He 343A-1 – bombowiec. W zależności od zastosowanych silników, ładunek bomb wynosił od 2000 kg do 3000 kg, przy czym 2000 kg miało być przenoszone wewnątrz, a 1000 kg na zewnątrz. He 343A-2 – wersja zwiadowcza. Model był podobny do A-1, ale zamiast bomb w przedziale bombowym miały się znajdować dwa aparaty Rb 75/30. He 343A-3 – Zerstörer (niszczyciel). Standardowym uzbrojeniem tego wariantu miały być cztery działka MK 103 kalibru 30 mm strzelające do przodu, z zapasem 400 naboi każde, montowane w przedziale bombowym, lub dwa działka MK 103 o kalibrze 30 mm z zapasem 100 naboi każde i dwa działka MG 151 o kalibrze 20 mm z zapasem 200 naboi każde. He 343B-1 – Drugi Zerstörer. Główna różnica polegała na tym, że zamiast dwóch stałych działek tylnych w tylnej części kadłuba, w skrajnej tylnej części kadłuba zamontowano zdalnie sterowaną wieżyczkę FHL 151Z.