W 1248 Zofia brabancka, córka landgrafa Turyngii Ludwika IV Świętego, zgłosiła roszczenia do ziem ówczesnej zachodniej Turyngii w imieniu swego syna Henryka, kładąc podwaliny pod późniejszą Hesję (Henryk został pierwszym landgrafem heskim).
W czasie reformacji landgraf Filip Wielkoduszny założył w Marburgu pierwszy uniwersytet protestancki. Uczelnia po czasy dzisiejsze jest najważniejszą instytucją miasta oraz największym pracodawcą. W zimowym semestrze 2005 uniwersytet liczył ok. 16 tys. studentów i ponad 7 tys. pracowników. W 1529 w marburskim zamku odbyła się dysputa religijna, w których brali udział m.in. Marcin Luter, Huldrych Zwingli oraz Filip Melanchton.
W 1945 r. w kościele św. Elżbiety (Elisabethkirche) zostały złożone szczątki Paula von Hindenburga, ewakuowane tutaj z Mauzoleum Hindenburga na Mazurach.
W 1967 r. stwierdzono tu pierwsze udokumentowane zachorowanie wywołane bardzo groźnym wirusem, któremu później nadano nazwę miasta. Miało to miejsce w laboratorium Behringa. Zakażeni zostali pracownicy mający kontakt z małpami (koczkodanami zielonymi) pochodzącymi z Ugandy.