Nigeria odpowiedziała początkowo na zbrojną rebelię blokadą ekonomiczną. W czerwcu 1967 zebrała siły wojskowe i rozpoczęła operację militarną. Początkowo wojska Biafry odnosiły sukcesy, wdzierając się nawet na terytorium Nigerii. Później jednak armii nigeryjskiej udawało się stopniowo zajmować kolejne tereny oderwanego regionu, zmuszając rebeliantów do kilkakrotnego przeniesienia stolicy Biafry, początkowo do miasta Aba, potem do Umuahia, na sam koniec do Owerri.
W 1970 Biafra, całkowicie spustoszona przez wojnę, była już na granicy upadku. Generał Ojukwu uciekł z kraju, a reszta terytorium Biafry powróciła do Nigerii.
Siły zbrojne Dowódcą sił powietrznych Biafry był Polak, dawny dowódca dywizjonu 303, Jan Zumbach. W czasie swojego pobytu w Biafrze zasłynął atakiem na nigeryjskie lotnisko w Makurdi, w którym śmierć poniósł szef sztabu armii nigeryjskiej. Na początku w skład sił powietrznych wchodziły dwa B-25 Mitchell, jeden A-26 Invader (pilotowany przez Zumbacha), jeden DC-3 oraz jeden Dove. W 1968 szwedzki pilot Carl Gustaf von Rosen zaproponował program MiniCOIN, polegający na wykorzystaniu zmodyfikowanej wersji lekkich samolotów szkoleniowych MFI-9 produkcji szwedzkiej. Zbudowano pięć takich maszyn, zdolnych do przenoszenia rakiet przeciwpancernych 68 mm.