Toruń nie był należycie przygotowany do obrony. Najsilniejsze umocnienia chroniły miasto od strony wschodniej, z zachodu dostępu do twierdzy broniła Wisła. Plan rozbudowy fortyfikacji nie został zrealizowany ze względu na brak odpowiednich sum pieniędzy w kasie Księstwa. Budowę umocnień przedmościa od strony zachodniej rozpoczęto dopiero w pierwszych dniach maja 1809 r., gdy wojska austriackie zmierzały już na miasto. Gubernatorem Torunia i dowódcą garnizonu był gen. Stanisław Woyczyński, weteran insurekcji kościuszkowskiej. Miał on do dyspozycji około 3600 żołnierzy trzecich batalionów 10., 11. i 12. pułku piechoty, podczas gdy minimalną liczbę żołnierzy do obsadzenia twierdzy szacowano na 4000. Dodatkowo oddziały te składały się przede wszystkim z niewyćwiczonych rekrutów, wcielonych do armii podczas kwietniowego poboru. Wielu nie posiadało nawet kompletnego umundurowania. Brakowało również oficerów i instruktorów.
Przebieg 14 maja austriacka straż przednia, dowodzona przez gen. Mohra, podeszła pod miasto. Poinformowany wcześniej o ruchach Austriaków gen. Woyczyński rozkazał płk. Mielżyńskiemu z 3 batalionem 11. pułku piechoty i trzema działami (łącznie 1200 żołnierzy) obsadzić częściowo nieukończony szaniec przedmostowy. Wsparcia miały im udzielać kolejne trzy działa ulokowane na kępie wiślanej.