Współpraca Stefana Bocskaya z armią turecką pozwoliła mu na szybkie opanowanie całych Węgier – spowodowała jednak również umocnienie się Wielkiej Porty kosztem Księstwa Siedmiogrodu. Bocskay, obawiając się, że może stać się marionetką w rękach sułtana, postanowił prowadzić własną politykę i wykorzystać toczącą się wojnę austriacko-turecką. W tym celu rozpoczął zabiegi dyplomatyczne i jako mediator dwóch stron próbował zakończyć konflikt zbrojny. Kosztem zrzeczenia się pretensji do tytułu królewskiego i uznania dzięki temu przez Habsburgów suwerennych rządów w Siedmiogrodzie, Stefan Bocskay zawarł 23 czerwca 1606 roku traktat pokojowy w Wiedniu, a następnie podjął się mediacji między sułtanem a cesarzem. Jego działania zakończyły się podpisaniem przez wojujące strony 11 listopada 1606 traktatu pokojowego w Zsitvatörök. Od tego czasu Siedmiogród stał się praktycznie niepodległy.
Krótko po odniesieniu sukcesu politycznego Stefan Bocskay nagle zmarł w Koszycach (prawdopodobnie otruty przez kanclerza Michała Kathaya). Nie mając potomków, na swego następcę wyznaczył Bálinta Homonnaya.