W lipcu 2008, w czasie zajmowania urzędu burmistrza, został aresztowany pod zarzutem korupcji, defraudacji publicznych funduszy i nieprawidłowości przy budowie centrum handlowego w Strumicy. W odpowiedzi Socjaldemokratyczny Związek Macedonii rozpoczął bojkot prac parlamentu, uznając zatrzymanie jej członka za nielegalne i politycznie motywowane. Kryzys polityczny w kraju zakończył należący również do SDSM prezydent Branko Crwenkowski, który w sierpniu 2008 ułaskawił Zorana Zaewa.
W 2006 objął funkcję wiceprzewodniczącego SDSM, którą zajmował do 2008. We wrześniu tegoż roku został wybrany na nowego przewodniczącego partii (zastępując Radmiłę Szekerinską). Pozostał nim do 2009, kiedy stanowisko to objął ponownie były prezydent Branko Crwenkowski. Zoran Zaew objął wówczas ponownie stanowisko wiceprzewodniczącego SDSM. W lipcu 2013, po rezygnacji z funkcji złożonej przez byłego prezydenta, został ponownie przewodniczącym Socjaldemokratycznego Związku Macedonii.