W związku z reorganizacją szkół lotniczych 15 lutego 1920 szkołę przemianowano na Niższa Szkoła Pilotów w Warszawie. Wkrótce po zmianie nazwy dokonano od dawna planowanej dyslokacji szkoły z lotniska mokotowskiego do Dęblina. Jednak szkoła przebywała w swojej nowej siedzibie tylko przez kilka tygodni. Ofensywa bolszewicka w czerwcu 1920 bardzo zagroziła położonemu na prawym brzegu Wisły lotnisku. Zmusiło to dowództwo wojsk lotniczych do podjęcia decyzji o ponownym przeniesieniu szkoły. Tym razem jednak przeniesiono szkołę na dalekie tyły do Bydgoszczy. Tutaj szkolenie pilotów zostało zintensyfikowane.
Pod koniec lipca 1920 wobec zakończenia rocznego kontraktu z personelem francuskim prawie całą obsługę szkoły przejęli Polacy. Dowódcą szkoły został mianowany porucznik Garbiński, a dotychczasowy jej dowódca Francuz mjr. de Chivré pozostał w Polsce na stanowisku doradcy technicznegoTakże kilku innych pilotów francuskich pozostało jeszcze przez kilka miesięcy w roli instruktorów..
Jesienią 1920 po kolejnej reorganizacji lotnictwa Krakowską Szkołę Pilotów przeniesiono do Bydgoszczy. Tutaj 1 grudnia nastąpiło połączenie z Francuską Szkołą Pilotów i utworzenie nowej jednostki szkoleniowej Niższej Szkoły Pilotów w Bydgoszczy. Jej dowódcą został mianowany ppłk.