Przepisy dają możliwość wsparcia finansowego lub wypłaty odszkodowań użytkownikom gruntów w przypadku strat związanych z ochroną siedlisk (m.in. w ramach programu rolnośrodowiskowego).
Wykaz siedlisk wymagających ochrony w obszarach Natura 2000 w Polsce (na pierwszym miejscu kod siedliskaRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 13 kwietnia 2010 r. w sprawie siedlisk przyrodniczych oraz gatunków będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, a także kryteriów wyboru obszarów kwalifikujących się do uznania lub wyznaczenia jako obszary Natura 2000 , znak * oznacza siedlisko priorytetowe) 1110 – piaszczyste ławice podmorskie trwale przykryte wodą o niewielkiej głębokości 1130 – estuaria 1150 – laguny przybrzeżne (w tym: jeziora przymorskie i zalewy)* 1160 – duże, płytkie zatoki 1170 – rafy 1210 – kidzina na brzegu morskim 1230 – klify na wybrzeżu Bałtyku 1310 – śródlądowe błotniste solniska z solirodem (Salicornion ramosissimae) 1330 – solniska nadmorskie (Glauco-Puccinietalia maritimae część – zbiorowiska nadmorskie) 1340 – śródlądowe słone łąki, pastwiska i szuwary (Glauco-Puccinietalia część – zbiorowiska śródlądowe)* 2110 – inicjalne stadia nadmorskich wydm białych 2120 – nadmorskie wydmy białe (Elymo-Ammophiletum) 2130 – nadmorskie wydmy szare* 2140 – nadmorskie wrzosowiska bażynowe (Empetrion nigri)* 2160