Wzgórza Cerro Dos de Oro, są istotnym punktem orientacyjnym.
W połowie departamentu są dobre warunki dla rolnictwa i hodowli bydła.
Hydrografia Zachodnia część San Pedro podlega pod rzekę Paragwaj i jej dorzecze.
Największe rzeki: Paragwaj, Corrientes, Ypané, Jejuí Guazú, Aguaraymi, Aguaray Guazú, Maduvirá i Tacuatí.
Rzeka Corrientes jest drugą rzeką w departamencie i płynie przez wschodnią część San Pedro.
Największe bagna: Piripucú, San Antonio, Yetyty, Tapiracuai, Peguahó, Mbutuy, Tobatiry i Aguaraymi. W San Pedro znajdują się także laguny Vera i Blanca.
Najważniejsze porty: Milagro, Colorado, Santa Rosa, Tacurú Pytá, Uno, Laurel, Jejuí, Mbopicuá, Santa Elena i Uruguaitá.
Fauna i flora San Pedro znajduje się między dwoma ekosystemami: Las Centralny i Środkowy Brzeg.
Pierwotny stan tutejszej przyrody jest coraz bardziej wyniszczany przez działalność człowieka.
Niektórym gatunkom roślin grozi wymarcie. Są wśród nich: yvyra paje, cedr, ñandypa (link do anglojęzycznej wiki), Wiktoria królewska. Zagrożone są także zwierzęta: tukan guazú, guazutí, kajman, żółta anakonda i wydra patagońska.
Na terenie San Pedro nie ma parków narodowych, ale są rezerwaty przyrody: część gór San Joaquín, Laguna Blanca, Milagros i bagna Puerto Rosario.