Druga konferencja NKWD i Gestapo odbyła się pod koniec listopada 1939 roku w Przemyślu. Jej tematyka została poszerzona o problem wymiany jeńców polskich oraz metodykę eksterminacji polskiej ludności. Podczas tej konferencji na mocy rozkazu Stalina przekazano Hitlerowi, m.in. 150 komunistów niemieckich.
Następna konferencja odbyła się w Zakopanem, które zostało zajęte 2 września 1939 przez wojska słowackie, a dopiero 27 listopada 1939, w dniu pierwszej konferencji Gestapo-NKWD w Brześciu, oficjalnie przekazane Niemcom. 20 lutego 1940 roku rozpoczęła się w Zakopanem w willach „Pan Tadeusz” oraz „Telimena” trzecia metodyczna konferencja NKWD i Gestapo. Według niektórych źródeł na początku lutego 1940 roku doszło do tajnego spotkania Heinricha Himmlera i Ławrientija Berii w pałacyku myśliwskim Hermanna Göringa w Romintach w Puszczy Rominckiej, gdzie prowadzono rozmowy o eksterminacji społeczeństwa polskiego i zwalczaniu polskiego ruchu oporuU. Neumärker, V. Knopf, Görings Revier: Jagd und Politik in der Rominter Heide, Berlin 2007, s. 210;