Od 1963 do 1989 był członkiem Komunistycznej Partii Litwy. W latach 1984–1989 zajmował stanowisko zastępcy ministra. Od 1989 był ministrem spraw wewnętrznych Litewskiej SRR. W 1989 awansowany do stopnia generała. Zachował stanowisko ministra spraw wewnętrznych w rządzie Kazimiry Prunskienė utworzonym po ogłoszeniu niepodległości przez Litwę w marcu 1990. Kierując resortem spraw wewnętrznych, przeprowadził reformę struktur bezpieczeństwa. 31 lipca 1991 złożył dymisję, a w listopadzie został zastąpiony przez Petrasa Valiukasa.

W późniejszych latach pracował w firmach prywatnych. Był m.in. szefem wydziału ochrony w jednym z banków. Od 2007 wszedł w skład rady społecznej przy komendancie głównym policji.

Postępowanie karne W listopadzie 2009 prokurator prokuratury okręgowej w Poniewieżu skierował akt oskarżenia przeciwko funkcjonariuszom sowieckich organów bezpieczeństwa, którzy w 1965 brali udział w obławie na Antanasa Kraujelisa (zakończonej jego śmiercią). Marijonasowi Misiukonisowi postawiony został zarzut udziału w ludobójstwie.