W odpowiedzi bolszewickie dowództwo wydało rozkaz swoim wojskom rozbroić Chłopską Armię Fergany. W rejon Dżalalabadu zostało wysłanych kilka oddziałów, aby jednym koncentrycznym uderzeniem rozbić główne siły chłopskie. Poniosły one jednak porażkę. Tak samo zakończył się drugi atak bolszewików. W tej sytuacji zostali oni zmuszeni przejść do obrony. Do działań ofensywnych przeszły oddziały Chłopskiej Armii Fergany i basmaczy. Ich pierwszym sukcesem było zajęcie miasta Osz, a następnie odparcie kontrnatarcia bolszewickiego. We wrześniu 1919 r. główne siły zostały skierowane pod Andiżan. Walki o miasto trwały jednak dłużej, niż przypuszczano. W tym czasie bolszewicy ściągnęli posiłki w postaci pułku kazańskiego, który przybył 22 września. Wojska powstańców chłopskich pod Andiżanem zostały rozbite, zaś ocaleli chłopi uciekli do rodzinnych wsi. Oddziały bolszewickie przeszły do kontrofensywy. Bez walki odzyskały Osz, skąd chłopski garnizon zwyczajnie zbiegł. W celu ratowania sytuacji płk K. I. Monstrow początkowo próbował uzyskać pomoc ze strony jakiegoś państwa europejskiego. Po niepowodzeniu udało mu się doprowadzić 22 października 1919 r. do powstania Tymczasowego Przedstawicielstwa Fergańskiego, którym kierowali – oprócz niego – Madamin-Bek jako przedstawiciel basmaczy i gen. Muchanow jako przedstawiciel białych.