Po powrocie do Wielkiej Brytanii w 1834 r. Burnes wydał książkę o badanych przez siebie terytoriach. Po powrocie do Indii w 1835 r. został wysłany na dwór Sindhu, gdzie miał za zadanie zabezpieczyć realizację traktatu o nawigacji na rzece Indus. W 1836 r. został wysłany z poselstwem do emira Afganistanu Dosta Mohammada.
Laureat Złotego Medalu Królewskiego Towarzystwa Geograficznego (1835).
I wojna afgańska Burnes doradzał gubernatorowi generalnemu lordowi Aucklandowi, aby poparł Dosta Mohammeda i pomógł mu utrzymać się na afgańskim tronie. Auckland przychylił się jednak do opinii Williama Macnaghtena i poparł pretendenta, Szudżę Szaha.
Po wybuchu I wojny brytyjsko-afgańskiej w 1839 r. Burnes towarzyszył Armii Indusu, a po opanowaniu Kabulu został tam brytyjskim agentem politycznym. 2 listopada 1841 r. tłum zaatakował siedzibę Burnesa w Kabulu. Burnes próbował uciec w afgańskim przebraniu, ale został rozpoznany i porąbany na kawałki.