Skuteczna gra w Grecji zawocowała transferem Panticia w 1995 roku do hiszpańskiego Atlético Madryt, prowadzonego wówczas przez rodaka Milinko, Radomira Anticia. W Primera División Pantić zadebiutował 3 września w wygranym 4:1 meczu z Realem Sociedad i już w debiucie zdobył gola. Obok Ljubosława Penewa, Kiko i Diego Simeone stał się gwiazdą zespołu. Zdobywając 10 bramek przyczynił się do wywalczenia przez Atlético mistrzostwa Hiszpanii, a także zdobycia Pucharu Hiszpanii. W sezonie 1996/1997 awansował z Atlético do ćwierćfinału Ligi Mistrzów, jednak w lidze zajął dopiero 5. miejsce, a rok później „Los Colchoneros” zakończyli sezon na 7. pozycji. Sezon 1997/1998 był ostatnim dla Panticia w Hiszpanii i łącznie w barwach Atlético strzelił 18 goli w lidze w 106 rozegranych meczach.
Latem 1998 roku Pantić odszedł do francuskiego Le Havre AC, jednak nie prezentował takiej formy jak w Atlético. Zdobył dwie bramki w Ligue 1, a po sezonie wrócił do Panioniosu. Tu także grał tylko przez jeden sezon i w 2000 roku zdecydował się zakończyć piłkarską karierę.