W Egipcie narodziły się chrześcijańskie: anachoretyzm, cenobityzm i monastycyzm.
Koptyjski Kościół Ortodoksyjny wyodrębnił się w V wieku z patriarchatu aleksandryjskiego na skutek sporów narodowych i chrystologicznych w Egipcie, gdy większość chrześcijan egipskich z patriarchą Aleksandrii, Dioskurem I na czele opowiedziała się przeciwko postanowieniom soboru chalcedońskiego (diofizytyzm) i zerwała jedność doktrynalną z powstałym w 451 roku Kościołem chalcedońskim.
Współcześnie uważa się, że głównymi powodami schizmy nie były kwestie doktrynalne (monofizytyzm), ale spory polityczne w Egipcie między nacjami grecką i koptyjską oraz brak zrozumienia dla spraw lokalnych ze strony dworu cesarskiego w Konstantynopolu, który nie dostrzegł w porę problemów Egipcjan.
Bizancjum W okresie bizantyjskim Koptyjski Kościół Ortodoksyjny uważany był za heretycki i był prześladowany przez biskupów Kościoła chalcedońskiego oraz władze Cesarstwa Bizantyńskiego.