W 1993 kandydaci ugrupowania startowali z ramienia Bezpartyjnego Bloku Wspierania Reform. SND uczestniczyło w Porozumieniu 11 Listopada, w 1995 popierało ubiegającego się o reelekcję prezydenta Lecha Wałęsę (Bogusław Kowalski był jednym z głównych organizatorów jego kampanii wyborczej). Rok później SND przystąpiło do Akcji Wyborczej Solidarność, jednak w połowie 1997 podpisało porozumienie wyborcze z Polskim Stronnictwem Ludowym (żaden z jego przedstawicieli nie znalazł się w parlamencie). W sierpniu 1998 SND weszło w skład Ruchu Patriotycznego „Ojczyzna”, koalicji startującej w wyborach samorządowych w tym samym roku.
19 grudnia 1999 doszło do niezrealizowanego formalnie zjednoczenia Stronnictwa Narodowo-Demokratycznego ze Stronnictwem Narodowym Romana i Macieja Giertychów. Partia nie została jednak wyrejestrowana sądownie. Kandydatem nowego SN w wyborach prezydenckich w 2000 był generał Tadeusz Wilecki.
W 2001 na miejscu niewykreślonego z ewidencji SND została zarejestrowana Liga Polskich Rodzin, której pierwszy kongres odbył się 5 maja 2001.