Ogromna większość więźniów była niewinna oskarżeń im stawianych, a zeznania wymuszane były torturami.
Przez pierwszy rok działania S-21 zwłoki były grzebane w okolicach więzienia. Jednakże z końcem 1976 zabrakło miejsca, więc więźniowie i ich rodziny zabierani byli do centrum egzekucji Choeung Ek piętnaście kilometrów od Phnom Penh. Tam byli zabijani sztabami żelaza, motykami, maczetami i innymi prowizorycznymi narzędziami. Po egzekucji żołnierze, którzy przywozili skazańców z S-21 zakopywali zwłoki w masowych grobach mieszczących od kilku do kilkuset ciał.
Osoby, które przeżyły Tuol Sleng thumb|Chum Mey podczas podpisywania swojej książki w Tuol Sleng Z szacowanych 17 tys. ludzi przetrzymywanych w Tuol Sleng znanych jest jedynie dwanaście osób, które je przeżyły. Cztery z nich żyją w dalszym ciągu: Vann Nath, Chum Mey, Bou Meng oraz Chim Math, jedyna kobieta wśród ocalałych. Wszyscy trzej mężczyźni zostali zachowani przy życiu ponieważ posiadali umiejętności uznane przez oprawców za wartościowe. Vann Nath był artystą i został przydzielony do malowania obrazów Pol Pota. Wiele z jego obrazów przedstawiających wydarzenia, których był świadkiem w Tuol Sleng, znajduje się dziś na wystawie Muzeum Ludobójstwa Tuol Sleng. Bou Meng, którego żona została stracona w więzieniu, również był artystą.