W tym samym czasie Głogowczycy stracili również część terytoriów uzyskanych przez ojca od książąt legnickich.

Samodzielne rządy w wydzielonej przez Henryka IV dzielnicy obejmującej Ścinawę, Górę i Lubin Jan objął na przełomie 1316 i 1317.

Po usamodzielnieniu się na przełomie 1316 i 1317 a przed 1324K. Jasiński, Rodowód Piastów śląskich, wyd. II, Kraków 2007, s. 369. książę Jan ożenił się z Małgorzatą, córką księcia pomorskiego Bogusława IV i Małgorzaty rugijskiej. Małżeństwo, które zostało zawarte przed 29 lipca 1322 było bezdzietneE. Rymar, Rodowód książąt pomorskich, Szczecin 2005, s. 295–296..

29 lipca 1326 zawarł z braćmi Henrykiem IV i Przemkiem trójstronny układ o przeżycie, w którym bezdzietni dotychczas Jan i Przemko zapewniali, że w wypadku bezpotomnej śmierci jednego z nich pozostali bracia podzielą się po połowie jego ziemiami z uwzględnieniem praw wdowy.