Southampton W dniu 9 stycznia 2010 Fonte trafił do Southampton. Podpisał umowę obowiązującą przez trzy i pół lata. Zadebiutował tydzień później w zremisowanym 1-1 meczu z Millwall F.C. W dniu 28 sierpnia 2010 zdobył swoją pierwszą bramkę dla Świętych przeciwko Bristol Rovers. Fonte znalazł się w najlepszej drużynie roku League One i pomógł awansować drużynie do Championship. 29 grudnia 2011 podpisał nową umowę, obowiązującą do 2015. Łącznie wystąpił w 42 spotkaniach i zdobył jedną bramkę w meczu z Coventry City. Tym samym jego drużyna po raz kolejny uzyskała awans, tym razem do Premier League. 19 sierpnia 2012 zadebiutował w rozgrywkach Premier League, przeciwko Manchesterowi City. W dniu 7 października zdobył pierwszą bramkę w najwyższej klasie rozgrywkowej w domowym meczu z Fulham. 8 sierpnia 2014 podpisał kontrakt do 2017. Obecnie Fonte jest kapitanem drużyny.
West Ham United
W dniu 20 stycznia 2017 Jose Fonte trafił do West Ham United za kwotę 9,2 mln euro. Związał się z klubem do końca czerwca 2019 z opcją jego przedłużenia o kolejne dwanaście miesięcy.