W 1653 doszło do spisku przeciwko Bazylemu inspirowanego przez jego dawnego przeciwnika, Mateusza Basaraba. Na tron mołdawski został wprowadzony jeden z dostojników mołdawskich, Jerzy Stefan, lecz Bazyli zdołał uciec do Polski i uzyskać pomoc swego nowego zięcia. Młody Chmielnicki pokonał Jerzego Stefana i przywrócił rządy Bazylego. Sojusznicy postanowili jednak nie poprzestać na tym i wspólnie uderzyli na Wołoszczyznę, gdzie zostali pokonani przez Basaraba w bitwie pod Fintą. Kontruderzenie Mateusza Basaraba na Mołdawię ostatecznie pozbawiło Bazylego tronu: został pobity przez Wołochów i zbiegł do Kozaków, zaś Tymofiej Chmielnicki zginął w Suczawie. Bazyli później przeniósł się do Konstantynopola, gdzie został uwięziony, a po uwolnieniu nie odzyskał już tronu. Zdołał natomiast uzyskać go dla swojego syna Stefana, który panował w Mołdawii w latach 1659–1661.
Bazyli Lupu w czasach swoich rządów szczególną uwagą darzył cerkiew prawosławną, przeprowadzając wiele fundacji cerkwi i monastyrów (z monasterem Trzech Świętych Hierarchów w Jassach i jego główną cerkwią na czele).