Z dniem 1 września 1999 powołano Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie, który powstał z połączenia trzech olsztyńskich szkół wyższych: Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego na mocy Ustawy z dnia 9 lipca 1999 r. o utworzeniu Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie (Dz. U. Nr 69, poz. 762). UWM łączy więc tradycje: pięćdziesięcioletnie ART, trzydziestoletnie WSP oraz ponad 450 lat kształcenia teologicznego na Warmii.
W dniu swego powstania UWM posiadał 12 wydziałów i 32 kierunki kształcenia oraz 24,5 tysiąca studentów. Uczelnia posiadała prawo do habilitowania w 6 dyscyplinach naukowych oraz do nadawania doktoratów w 13 dyscyplinachYouTube – X-lecie UWM.. Pierwszym rektorem został Ryszard Górecki.
Kalendarium 1999 – pierwsza inauguracja roku akademickiego 2000 – otwarcie pierwszego zamiejscowego punktu kształcenia – Centrum Studiów Bałtyckich w Ełku 2001 – powołanie Wydziału Prawa i Administracji oraz Wydziału Matematyki i Informatyki 2003 – pierwsze Olsztyńskie Dni Nauki 2004 – drużyna siatkarska AZS UWM srebrnym medalistą Polski;