Najwyższym organem wykonawczym był prezes, który stał na czele zarządu głównego.
W trakcie rozmów Okrągłego Stołu lider ChDSP był obserwatorem zaproszonym przez stronę rządową. W wyborach czerwcowych w 1989 kandydaci stronnictwa bez powodzenia ubiegali się o mandaty poselskie i senatorskie, startując w większości jako konkurenci dla przedstawicieli Komitetu Obywatelskiego (KO wystawił dwóch członków SP – Waleriana Piotrowskiego i Marka Rusakiewicza, którzy zdobyli mandaty). W maju 1990 zorganizowano III kongres (nawiązujący numeracją do kongresów dawnego SP z 1937 i 1945). W wyborach samorządowych w 1990 kandydaci ChDSP zdobyli ponad 200 mandatów.
W 1990 Władysław Siła-Nowicki deklarował zamiar ubiegania się o urząd prezydenta RP, jednak nie zebrał wystarczającej liczby podpisów. Chadecy wsparli Lecha Wałęsę i przez kilka miesięcy działali w ramach Porozumienia Centrum (gdy było ono koalicją), jednak z powodu zgłoszenia Władysława Siły-Nowickiego i wyboru nowych władz doszło w partii do rozłamu. W październiku miał miejsce kolejny rozłam, w wyniku którego powstało Chrześcijańsko-Demokratyczne Stronnictwo „Zjednoczenie” (znalazł się w nim m.in. Ryszard Bender). W grudniu 1990 z ChDSP odeszło 127 działaczy, którzy założyli Partię Chrześcijańsko-Demokratyczną (weszła ona do PC). W lutym 1991 kolejna grupa rozłamowa (m.in.