Wtedy utrwalił się podział na dwie główne gałęzie Zakonu: obediencję francuską w Boigny, oraz włoską w Kapui. W 1572 włoska obediencja św. Łazarza została przez jej następnego mistrza generalnego i suwerena Sabaudii, księcia Emanuela Filiberta połączona z niedawno utworzonym dynastycznym Zakonem Domu Sabaudzkiego pod wezwaniem św. Maurycego. Książę związał godność zwierzchników tak powstałego nowego Zakonu Świętych Maurycego i Łazarza ze swoją osobą i swoimi następcami.
Unia personalna z zakonem NMP z Góry Karmel W 1604 Henryk IV Burbon ogłosił się protektorem Zakonu Świętego Łazarza obediencji francuskiej, który to odtąd przez ponad 200 lat pozostawał oficjalnie pod opieką królów Francji. W 1607 zakon św. Łazarza połączył się na zasadzie unii personalnej na stanowiskach wielkich mistrzów z nowo ustanowionym przez Henryka IV i papieża Pawła V Królewskim Zakonem Najświętszej Marii Panny z Góry Karmel. Dozwolono wówczas rycerzom św. Łazarza na zawieranie związków małżeńskich. Od tego czasu oba zakony istniały pod nazwą Połączone Zakony Królewskie, Rycerskie i Szpitalne Najświętszej Marii Panny z Góry Karmel i św. Łazarza z Jerozolimy (fr. Ordres Royaux Notre-Dame du Mont-Carmel et Militaires et Hospitaliers de Saint-Lazare de Jérusalem Réunis). Henryk IV dla siebie i swoich następców potwierdził tytuły protektora zakonu św.