Począwszy od 1989 roku, przedsiębiorstwo przeszło szereg istotnych zmian organizacyjnych i właścicielskich. W 1993 roku nazwa spółki została zmieniona z Léčiva a.s. na Zentiva k.s. Później, w 1998 roku zarząd spółki Zentiva nabył większościowy pakiet akcji i skupił działalność na markowych lekach generycznych. W 2003 roku została wprowadzona nowa marka korporacyjna – Zentiva CZ s.r.o. W tym samym roku do portfela Zentivy dołączyło czołowe przedsiębiorstwo farmaceutyczne ze Słowacji (Slovakofarma). W 2004 roku Zentiva zadebiutowała na giełdzie w Pradze i w Londynie. Swoją działalność rozszerzyła także na Polskę i Rosję oraz inne rynki Europy Środkowej i Wschodniej. Pod koniec 2005 roku doszło do przejęcia spółki Sicomed (wiodącego przedsiębiorstwa produkcji leków generycznych w Rumunii, obecnie pod nazwą Zentiva SA), która powiększyła portfel Zentivy.
Na początku 2007 roku Zentiva zwiększyła zakres swojej działalności na Węgrzech i przejęła Eczacibaşi Generic Pharmaceuticals (czołowego producenta tureckiego). Rok 2008 przyniósł przejęcie Zentivy przez francuski holding Sanofi i decyzję o przekształceniu jej w europejską platformę leków generycznych grupy.