Odszedł ze stanowiska już wiosną 1920, obciążony odpowiedzialnością za krwawe stłumienie manifestacji kolejarzy, mimo że nie wydał rozkazu otwarcia ognia do protestujących robotnikówM. Ratyński, Karol Rzepecki (1865-1931), [w:] Słownik biograficzny polskiego obozu narodowego, t. 6, red. K. Kawęcki, Warszawa 2024, s. 354., po dotarciu demonstracji przed Zamek. W wyniku czego zginęło 7 robotników, 32 zostało rannych, dwóch zmarło w wyniku odniesionych ran w szpitalu.
Trybunał Dyscyplinarny w Poznaniu, na wniosek Rzepeckiego, oczyścił go 25 czerwca 1920 z zarzutu niedopełnienia obowiązków służbowych. Natomiast specjalnie powołana Komisja Sejmowa, do zbadania wydarzenia, nie dokonała jednoznacznego rozstrzygnięcia.
W kolejnych latach był urzędnikiem w Urzędzie Wojewódzkim w Poznaniu, a w 1921 skoncentrował się na pracy wydawniczej. W latach 1922–1927 sprawował mandat poselski z okręgu szamotulskiego. Był aktywnym członkiem stowarzyszeń weteranów oraz Stronnictwa Narodowego (wiceprezes zarządu miejskiego w Poznaniu).
Został pochowany na cmentarzu Górczyńskim w PoznaniuKarol Rzepecki – miejsce pochówku [dostęp 2019-02-04].