Dzięki zmianom w konstytucji, w wyborach z 6 listopada 1999 mógł zostać wybrany ponownie na siedmioletnią kadencję na stanowisku. Według źródeł oficjalnych głosowało wówczas na niego w wyborach powszechnych 97% wyborców, choć zagraniczni obserwatorzy zgłaszali liczne zastrzeżenia i podawali przykłady łamania prawa wyborczego. W 2003 roku Rahmonow wygrał referendum, dzięki któremu mógł pozostać u władzy na następne kadencje po upływie mandatu. Opozycja jednak zarzucała mu, iż referendum zostało sfałszowane. 6 listopada 2006 po raz kolejny został wybrany na stanowisko prezydenta, uzyskując ponad 76% głosów. Również te wybory były krytykowane przez międzynarodowych obserwatorów jako niespełniające demokratycznych wymogów.
W kwietniu 2007 roku Rahmonow zmienił – ITAR-TASS . swoje nazwisko na „Rahmon”Transkrypcja z pisowni rosyjskiej (Рахмон): Rachmon.. Prezydent odrzucił rosyjską końcówkę -ow i otczestwo, namawiając pozostałych Tadżyków do pójścia w jego ślady. Początkowo oficjalna prezydencka strona internetowa zapisywała nazwisko w formie Эмомалии Раҳмон (Emomalii Rahmon)Guzoriszi mufassal az dżarajoni safari rasmii Prezidenti Dżumhurii Todżikiston ba Amoroti Muttahidai Arab ..