Kościół poświęcono Chrystusowi, archaniołowi Michałowi (w późniejszych źródłach wymienia się archanioła Gabriela), prorokowi Eliaszowi, Maryi Dziewicy oraz Świętemu MikołajowiOusterhout (2007), s. 34. Mango (1986), s. 194. .

Na wzór Kościoła Mądrości Bożej cesarz Bazyli I wyposażył Nea Ekklesia w znaczne dobra oraz pewien samorząd. Podczas panowania Bazylego oraz jego bezpośrednich następców kościół ten odgrywał istotną rolę w ceremoniach pałacowychMagdalino (1987), s. 61–63. , a co najmniej do końca panowania Konstantyna VII, rocznica jego konsekracji uchodziła za główne święto dynastii MacedońskiejMagdalino (1987), s. 55. . W XI wieku przypałacowy kościół zamieniono na klasztor, określany jako "Nowy klasztor" (Νέα Μονή). Cesarz Izaak II Angelos ogołocił kościół z większości jego bogatych dekoracji oraz mebli i naczyń liturgicznychMango (1986), s. 237. . Całe to wyposażenie zostało przez niego użyte przy odnawianiu kościoła Świętego Michała mieszczącego się w dzielnicy AnaplousOusterhout (2007), s. 140. . Fakt ten wiązał się zapewne z przeniesieniem cesarskiej siedziby z Wielkiego Pałacu do Pałacu Blecharny położonego na przeciwległym krańcu miasta, a co za tym idzie z zaprzestaniem użytkowania kompleksu Wielkiego Pałacu, którego Nea Ekklesia była częścią.