Podczas okupacji niemieckiej w latach 1939–1944 był pozbawiony urzędu i ukrywał się w Warszawie pod przybranym nazwiskiem. Pozostał po wybuchu powstania warszawskiego na Pradze, w grudniu 1944 r. działał w parafii w Lublinie.
Wiosną 1945 r. pełnił funkcje duszpasterskie w Warszawie, gdzie udzielił m.in. pierwszego po wojnie ślubu i odprawił pierwsze nabożeństwo luterańskie, w kościele ewangelicko-reformowanym. Po powrocie w maju 1945 r. do Torunia jako pełnomocnik Konsystorza wraz ze świeckimi współpracownikami doprowadził do uregulowania powojennych stosunków własnościowych, odzyskując na cele parafii kościół św. Szczepana i kaplicę, a także stopniowo szereg obiektów kościelnych w innych miejscowościach (np. Grudziądz, Lipno, Konin, Włocławek, często zajętych przez parafie katolickie. Akcja rewindykacyjna umożliwiła wznowienie w miarę normalnego życia religijnego. Pod koniec 1945 r. ks. Trenkler opublikował Mały śpiewnik kościelny, niezbędny w okresie powojennym i mający kilka wydań. Od 1946 r. z nominacji Konsystorza pełnił obowiązki seniora diecezji pomorsko-wielkopolskiej i ponownie z wyboru od 1951 r. Był z urzędu administratorem innych parafii, nieposiadających własnych duchownych, m.in. w Bydgoszczy (1945) i Poznaniu (1948–1949).