Najprawdopodobniej w latach czterdziestych XII wieku na podgrodziu zwanym Zagórze zbudowano kościół pw. św. Mikołaja, który stał się świątynią parafialną dla ludności służebnej grodu zamieszkującej najbliższą okolicę. Zasięg parafii kurczył wraz z budowaniem nowych kościołów m.in. na Komandorii, Berdychowie czy Chwaliszewie, a później także na lewym brzegu Warty. Parafia istniała do 1805 roku, kiedy to na skutek katastrofalnego stanu kościoła, została zlikwidowana, a nadzór duszpasterski objęło duchowieństwo posługujące przy katedrze. Kościół rozebrano w 1817 roku.
W 1231 roku przy kościele św. Małgorzaty na Śródce biskup Paweł II osadził dominikanów, którzy jednak w1244 roku przenieśli się na lewy brzeg Warty. Śródecka świątynia stała się kościołem parafialnym. Duchowni sprawowali opiekę duszpasterską nad mieszkańcami Śródki, Ostrówka i Zawad. Przy kościele istniała również szkoła parafialna, a od XVI wieku także szpital. W 1665 roku ówczesny proboszcz na Śródce i profesor Akademii Lubrańskiego, ks. Stanisław Grudowicz, wstąpił do filipinów i założył pierwszą wspólnotę w Polsce. Sześć lat później za zgodą bp. Stefana Wierzbowskiego kongregacja filipinów przejęła zarząd nad parafią. Uroczyste wprowadzenie pod przewodnictwem bp. Macieja Kurskiego, sufragana poznańskiego, miało miejsce 15 listopada 1671 roku.