W ciągu swojego długiego, ponad siedemdziesięcioletniego życia Jan II doprowadził niewielkie księstwo opolskie do znacznego rozwoju gospodarczego. Nie bez znaczenia były również zakupy coraz to nowych terytoriów na Górnym Śląsku, przez co książę stał się władcą niezwykle potężnym.
Pierwsze lata rządów księcia opolskiego nie zapowiadały jednak tak dużego sukcesu. Wprawdzie już w 1477 r. razem z Mikołajem kupili od książąt oleśnickich ziemię prudnicką, lecz cztery lata później w 1481 r. na skutek nacisku książąt legnickich bracia musieli wyrazić zgodę na wykup zastawionego w 1450 r. ich ojcu Brzegu.
W 1497 r. zginął tragicznie – ścięty na rozkaz Kazimierza II cieszyńskiego, Henryka Ziębickiego i biskupa wrocławskiego Jana Rotha - brat Jana Mikołaj II Niemodliński. Śmierć Mikołaja bardzo dotknęła Jana, który na wieść o wydarzeniach w Nysie zaczął gromadzić wojska, by krwawo pomścić brata. Tylko na skutek zabiegów dyplomatycznych Władysława II Jagiellończyka i w związku z brakiem poparcia wojny u sąsiadów księcia opolskiego, udało się zażegnać wybuch walk zbrojnych.