Przebieg służby 02.11.1938 – 31.08.1939 – 7 Flotylla U-Bootów Wegener w Kilonii (szkolenie) 01.09.1939 – 01.09.1941 – 7 Flotylla U-Bootów w Kilonii/Saint-Nazaire (okręt bojowy) 02.09.1941 – 31.03.1942 – 26 Flotylla U-Bootów w Piławie (okręt szkolny) 01.04.1942 – 01.07.1942 – 24 Flotylla U-Bootów w Gdańsku (okręt szkolny) 01.09.1942 – 01.10.1943 – 24 Flotylla U-Bootów w Gdańsku (okręt szkolny) 01.10.1943 – wycofany ze służby 04.05.1945 – samozatopiony w Zatoce Kupfermühlen
Lista zatopionych i uszkodzonych jednostekNa podstawie Ships hit by U-46 w serwisie Uboat.net [dostęp 1-3-2010]: Data Nazwa Państwo Pojemność BRT Patrol 17.10.1939 City of Mandalay7028 II21.12.1939Rudolf (neutr.)924 III06.06.1940HMS Carinthiaborder|20px Wielka Brytania20 277VI09.06.1940Margareta (neutr.)2155VI11.06.1940Athelprince (uszkodzony)8782VI12.06.1940Barbara Marie4223VI12.06.1940Willowbank5041VI17.06.1940Elpis3651VI16.08.1940Alcinous (uszkodzony)6189VII20.08.1940Leonidas M.