Na początku XVI wieku południowo-zachodnia Fryzja była centralnie rządzona przez Albrechta Saskiego. Workum został zaatakowany przez wojska Karola V. Wyparł on wojska Gelderlandu, które okopały się w kościele, doprowadzając do jego spalenia i zniszczenia wolnostojącej wieży. Jego następcą został namiestnik Habsburgów Schenck van Toutenburg. W 1533 roku ważny sąd arbitrażowy orzekł, że Workum jest zobowiązany do utrzymania wałów przeciwpowodziowych.
W XV wieku handel w Workumie konkurował z Holandią i Zelandią, co skłoniło miasto do zajęcia się budową statków. Wraz z powstaniem polderów w XVII wieku, powstało również wiele wiatraków. Do tego celu wykorzystywano sosnę przywożoną przez żeglarzy znad Bałtyku. W Holandii i Zelandii częściej używano dębu importowanego z Francji. Budownictwo okrętowe ożywiło gospodarkę. Port ucierpiał z powodu zamulenia, co doprowadziło do rekultywacji Workumer Nieuwland.
Reorganizacja miejska Do czasu reorganizacji gminy w 1984 roku Workum było samodzielną gminą. Wraz z miastami Hindeloopen i Stavoren oraz znaczną częścią ówczesnej gminy Hemelumer Oldeferd, Workum, jako jej główne miasto, weszło w skład gminy Nijefurd.