Nowy papież został koronowany 18 kwietnia 1655, a 9 maja odbył uroczysty ingres do bazyliki laterańskiej.
Pontyfikat W pierwszych dniach pontyfikatu Aleksander VII jawił się jako zdecydowany przeciwnik powszechnej praktyki nepotyzmu. Jedną z pierwszych decyzji był nakaz opuszczenia Rzymu przez wszechwładną Olimpię Maidalchini, szwagierkę zmarłego papieża Innocentego. Aleksander VII początkowo zabronił krewnym odwiedzać Rzym, ale już po roku, za namową swojego otoczenia z Kurii Rzymskiej, przywrócił panujące uprzednio obyczaje i rozdał rodzinie wiele ważnych, dochodowych stanowisk (m.in. bratanka Flavio mianował kardynałem w 1657).
Polityka zagraniczna papieża stała pod znakiem konfliktu z Francją. Opiekę w Rzymie znalazł kardynał Retz, przeciwnik pierwszego ministra kardynała Mazarina. W odpowiedzi dwór francuski poparł pretensje arystokratycznych rodów włoskich Farnese i d’Este do części terytoriów Państwa Papieskiego, a Mazarin udaremnił plany papieża odegrania roli negocjatora między Francją i Hiszpanią. Śmierć kardynała Mazarina (1661) nie zatrzymała konfliktu. Król Ludwik XIV oskarżył gwardię papieską o zamach na ambasadora Francji i zerwał stosunki dyplomatyczne, a następnie zajął enklawy papieskie (m.in. Awinion) i zagroził najazdem na Państwo Kościelne.