Jednakże praca inżyniera mechanika nie dawała mu pełnego zadowolenia. Pochodzenie ziemiańskie pociągało go do prac związanych z podniesieniem kultury rolnej. Toteż rozpoczął gruntowne studia związane z inżynierią wiejską, z problemem melioracji wodnych. W 1903 wstępuje jako wspólnik do biura melioracyjnego S. Janicki i W. Majlert. Jednak po 3 latach został powołany na stanowisko dyrektora Warszawskiego Towarzystwa Melioracyjnego. Jako dyrektor Towarzystwa zastęp inżynierów meliorantów, prowadząc jednocześnie wykłady na kursach rolniczych, które z biegiem czasu zostały przekształcone w Szkołę Główną Gospodarstwa Wiejskiego. W okresie poprzedzającym I wojnę światową Czesław Skotnicki odbył liczne podróże naukowe do Austrii, Niemiec, Danii i Szwecji. Równocześnie ogłasza publikacje i większe prace. Współpracował też ściśle z wydawnictwem „Przeglądu Technicznego”. Był pracownikiem Rady Komisji Rolnictwa Tymczasowej Rady StanuWłodzimierz Suleja, Tymczasowa Rada Stanu, Warszawa 1998, s. 223..
Stał się czołowym pionierem ruchu melioracyjnego, toteż z chwilą otwarcia, w czasie I wojny światowej, polskiej politechniki w Warszawie, został powołany na stanowisko profesora zwyczajnego i dziekana Wydziału Inżynierii Wodnej.