Po ataku wojsk niemieckich na ZSRR 22 czerwca 1941, przez 2 miesiące (lipiec–sierpień) służył w słowackich oddziałach wojskowych na froncie wschodnim, awansując do stopnia porucznika. Od października wydawał pismo „Náš boj”, w którym propagował nazizm i opowiadał się za wymordowaniem Żydów (eufemistycznie określanym jako ostateczne rozwiązanie kwestii żydowskiej). W Gwardii Hlinki reprezentował najbardziej radykalne skrzydło, opowiadając się za ścisłą współpracą z Niemcami. Po pewnym czasie zaczął nawet krytykować ministra spraw wewnętrznych i szefa Gwardii Hlinki Alexandra Macha za zbyt słabe współdziałanie z hitlerowcami.

Od 7 września 1944 był w stopniu generała ponownie szefem sztabu Gwardii Hlinki, stając jednocześnie na czele elitarnych Szturmowych Oddziałów Gwardii Hlinki (POHG). Zwalczały one wespół z Niemcami słowackie powstanie narodowe, dopuszczając się wielu zbrodni wobec powstańców, jak też ludności cywilnej. W październiku objął jednocześnie funkcję szefa urzędu bezpieczeństwa publicznego. W momencie wkraczania Armii Czerwonej na terytorium państwa słowackiego gen. Kubala w kwietniu 1945 zorganizował odwrót części oddziałów POHG do południowych Czech, starając się dostać na obszary wyzwalane przez wojska amerykańskie.