W dwa lata później opublikował on kolejną pracę, jeszcze ostrzejsze w wymowie Kajdany niewolnictwa, wzywające do odrzucania w wyborach parlamentarnych w Anglii kandydatów zgłoszonych przez króla. Również praktyka lekarska Marata może zostać uznana za udaną. Cieszył się w tym zakresie dobrą reputacją, publikował też prace na temat chorób oczu.
W 1777 wyjechał do Paryża, aby objąć stanowisko lekarza w służbie hrabiego Artois. Po powrocie do Francji większą część jego klienteli stanowili arystokraci. Za ich pieniądze Marat mógł wyposażyć własne laboratorium fizyczne, w którym prowadził badania nad ciepłem, światłem i prądem elektrycznym. Korespondował z Franklinem i udzielał się w życiu naukowym Paryża, zdobywając wszędzie opinię niezwykle bezkompromisowego, spierającego się z największymi autorytetami ówczesnej nauki. Ta opinia nie pozwoliła mu zostać członkiem Akademii Francuskiej, o co się ubiegał. W 1787 opublikował tłumaczenie niektórych prac Isaaca Newtona na temat optyki, zaś w 1788 własne wyniki badań o świetle.