W następnych latach trwały prace wykończeniowe wewnątrz kościoła. Ołtarz główny został zaprojektowany przez białostockiego artystę-malarza Jana Moczydłowskiego. Artysta ów wykonał ponadto mozaikę. W głównym ołtarzu, w części centralnej, umieszczono tabernakulum, a nad nim kompozycję przedstawiającą symbole Ducha Świętego – gołębicę, języki ognia, promienie, pod sufitem umieszczono symbol Boga Ojca. Po lewej stronie znajduje się krzyż z realistyczną figurą Ukrzyżowanego Pana Jezusa oraz witraż przedstawiający Zesłanie Ducha Świętego w Wieczerniku. Ołtarz otaczają drewniane stalle w kolorze ciemnobrązowym z dwoma herbami.
Wokół kościoła postawiono ogrodzenie, wykonano jego zewnętrzną elewację i pomalowano jego dach. Świątynia otrzymała też nowe ławki, konfesjonały, witraże, malowidła oraz piece olejowe do nadmuchu ciepłego powietrza w okresie zimowym. Na początku 2000 r. z włoskiego marmuru kararyjskiego wykonano m.in. ołtarz, chrzcielnicę oraz lektorium. W czerwcu 2002 r. przy kościele stanęła figura Chrystusa Zbawiciela Świata, wykonana przez Józefa Piekoszewskiego. W 2022 r. stanął nowy pomnik Jezusa autorstwa Michała Selerowskiego. Posąg jest wzorowany na figurze Chrystusa Zbawiciela z Rio de Janeiro.
Kościoły filialne i kaplice Kaplica pw. św. Łukasza w szpitalu