II Rzeczpospolita 17 listopada 1918 r. został mianowany ministrem robót publicznych w rządzie Jędrzeja Moraczewskiego. Pozostał nim do 29 grudnia 1918 r., ponieważ PSL-Piast wycofało się z rządu. W wyborach do Sejmu Ustawodawczego z 26 stycznia 1919 r. uzyskał mandat poselski. W parlamencie kierował pracami komisji wodnej. Natomiast 13 grudnia 1919 r. Kędzior ponownie został powołany na urząd ministra robót publicznych, wchodząc do rządu Leopolda Skulskiego. Podczas tego urzędowania głównie uwagę koncentrował na przygotowaniu ustaw dla podległego sobie resortu. Aktywnie włączył się w opracowanie projektów ustawy drogowej, wodnej i melioracyjnej, które dla przyspieszenia procesu ustawodawczego wniósł do sejmu jako wnioski poselskie. Przed sejmem przedstawiał osobiście budżet swojego resortu oraz ustawy dotyczące reorganizacji i zakresu jego działania. Ponadto referował ustawy o obwałowaniu lewego brzegu Wisły, budowie kanałów żeglownych i regulacji rzek, budowie i utrzymaniu rzek publicznych, popieraniu przedsiębiorstw melioracyjnych, monopolu tytoniowym, a także tytule inżyniera. Na stanowisku pozostał do 9 czerwca 1920 r., kiedy to do upadku rządu doprowadził wewnętrzny kryzys koalicji rządowej.