Alianckie siły morskie zostały również podzielone na dwie grupy zadaniowe, których zadaniem było transportowanie i wsparcie wojsk inwazyjnych. Wschodnia Grupa Zadaniowa Marynarki Wojennej została utworzona z brytyjskiej Floty Śródziemnomorskiej i dowodził nią adm. Bertram Ramsay. Zachodnia Grupa Zadaniowa Marynarki Wojennej została utworzona wokół amerykańskiej 8 Floty i dowodził nią adm. Henry Kent Hewitt. Obaj dowódcy grup zadaniowych podlegali admirałowi Cunninghamowi jako dowódcy generalnemu sił morskich. W operacji uczestniczyły również dwa slupy Królewskiej Marynarki Wojennej Indii – HMIS „Sutlej” i HMIS „Jumna”.
W czasie operacji Husky alianckie siły powietrzne w Afryce Północnej i na Morzu Śródziemnym zostały zorganizowane w Dowództwo Lotnictwa Śródziemnomorskiego (MAC) pod dowództwem marszałka lotnictwa Arthura Teddera. Głównym poddowództwem MAC były Północno-Zachodnioafrykańskie Siły Powietrzne (NAAF) pod dowództwem gen. por. Carla Spaatza z kwaterą główną w Tunezji. NAAF składał się głównie z grup z amerykańskiej 12. i 9 Armii Powietrznej oraz brytyjskich Królewskich Sił Powietrznych (RAF), które zapewniały główne wsparcie powietrzne operacji. Istotne wsparcie zapewniały również grupy z 9 Armii Powietrznej pod dowództwem gen. por. Lewisa H.